В 3-м сезоне сериала «Зоо-апокалипсис» героям наконец удается справиться с нашествием животных-мутантов. Однако цена победы оказывается слишком высокой. Химикат, который помогает излечить зараженных зверей, действует на людей как стерилизующее средство. Со дня победы над пандемией проходит 10 лет, и человечество осознает, что количество новорожденных младенцев уменьшается с каждым годом, приближаясь к критической точке невозврата. Тем временем из экспериментальной лаборатории приходит новая угроза – армия подопытных мутантов, нацеленная на уничтожение человечества.